OpenEye–藥物發現與設計平臺

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OpenEye藥物發現與設計平臺簡介


OpenEye藥物發現與設計軟件主要為大規模的藥物設計與分子模擬應用而開發。它不僅考慮了嚴格的科學意義、還兼顧計算速度、可拓展性以及平臺可用性。OpenEye藥物設計軟件聚焦于先導物識別與優化, 尤其擅長于化學信息學、構象生成、分子對接、形狀比較,靜電計算與比較,x-衍射晶體學,分子可視化以及數據分析。

OpenEye軟件支持多CPU/多核心計算,支持Linux,Windows與Mac OS X。OpenEye軟件授權靈活,主要目的是最大的釋放您的計算能力,指定用戶的site license讓您可以在任意的機器、不限數量機器上計算您的作業。

OpenEye解決方案


Lead Discovery

先導發現

Lead Optimization

先導優化

Customization

定制服務

ChemInformatics

化學信息學

結構生物學

結構生物學

數據庫

數據庫

Jupyter Notebooks

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數據庫準備

數據庫準備

OpenEye藥物發現與設計平臺的組成


應用名稱 用途說明
OMEGA OMEGA生成小分子3D構象以及包含生物活性構象的構象系綜。OMEGA專門為計算機輔助藥物設計中大規模數據庫化合物的構象分析,它快速、可靠地產生多構象數據庫。OMEGA生成的構象數據庫可用于分子對接虛擬篩選(比如FRED)、形狀比較虛擬篩選(比如ROCS)、以及藥效團識別與虛擬篩選(比如Ligandscout)。
ROCS ROCS是一款基于形狀相似性的虛擬篩選工具,通過形狀比較快速地識別潛在的活性化合物。ROCS在綜合性能與前后一致性上不僅比肩而且還常常優于基于結構的方法。ROCS適合于發現全新骨架化合物先導物、實現突破專利以及確立新的專利保護范圍。ROCS基于形狀相似疊合結構還可以用于3D-QSAR研究、藥效團識別、SAR分析。將化合物疊合于復合物的配體上,就可以實現沒有蛋白信息的結合模式預測。ROCS配有vROCS圖形界面,可以用來準備虛擬篩選提問結構,還提供統計學工具以評估虛擬篩選的性能。
OEDocking 基于結構的藥物設計方法,包含了分子對接軟件FRED、結合模式預測軟件POSIT與配體引導的分子對接軟件HYBRID。其中FRED僅利用到蛋白的信息進行分子對接;HYBRID可以充分利用同一個蛋白的多個晶體結構信息進行分子對接而提高計算精度;而POSIT則專注于結合模式預測、具有非常高的精度。
EON EON是一款靜電比較軟件,用于比較預先疊合好的分子間的靜電相似性。EON因此能夠發現結構完全不一樣,但是形狀與靜電很相似的化合物,并由此實現骨架全新的先導物。
SZYBKI SZYBKI采用MMFF94(S)力場優化化合物結構的軟件,它可以同時考慮溶劑效應。它還可以用來優化再蛋白口袋里的分子,尤其適合于對接后的優化計算。SZYBKI還包含有FreeForm子程序,FreeForm可以用來計算化合物的溶劑化自由能以及計算化合物從一個構象系綜變為一個生物活性構象或其它單一構象的自由能。
SZMAP 所有的蛋白配體相互作用都發生在水環境中,因此預測水分子在結合位點里的溶劑效應是理解結合親合力至關重要的一步。SZMAP采用半連續介質模型通過自由能計算幫助藥物化學家、計算化學家理解水分子如何影響配體與受體的結合,并提供結構改造的信息以幫助修飾化合物提供結合親合力。
QUACPAC QUACPAC負責化合物互變異構體枚舉、質子化狀態枚舉與電荷計算。當一個化合物有多種可能的互變異構體時,我們并不知道哪一個是與蛋白發生作用的一個,因此需要將多種互變異構體挨個計算;分子間相互作用總跟分子的形狀與靜電相關,因此精確、或合適的電荷表征是非常重要的。QUACPAC提供了多種電荷模型用于不同的計算目的,這些電荷模型包括:MMFF94與AMBER力場電荷,以及AM1-BCC電荷。電荷計算的準確與否還取決于化合物質子化狀態是否正確,當化合物有多種質子化狀態,也需要枚舉以確保用于計算的各種形式中包含了正確的那個,為此QUACPAC提供了pKa與質子化枚舉地功能。
Filter Filer負責化合物的性質計算以及濾除含有不理想性質的化合物。不理想的性質包括毒性官能團、共價結合官能團、干擾實驗測試化和/或口服生物利用度低。Filter提供了快速的分子過濾與篩選功能,在實驗或虛擬篩選前先用Filter過濾掉數據庫中不理想的化合物,另一方面可以控制虛擬篩選的質量與化合物的成藥性以提高成功率,另一方面可以顯著減少計算量。
BROOD Brood是一款基于片斷的全新藥物設計軟件,可以完成片斷替換的分子設計工作。Brood的定位是為藥物發現團隊遍歷先導物或苗頭化合物的化學空間與性質空間。針對一個起始結構,BROOD通過對選定的骨架或側鏈片斷用形狀與靜電相似的其它片斷進行替換以生成全新的化合物,替換同時還會考慮新生成化合物的分子性質。BROOD的片斷搜索有多個用途:先導物躍遷、側鏈枚舉、專利突破、片斷連接、性質優化、擴大專利保護空間等。
VIDA VIDA是分子可視化與模擬結果分享與交流工具。分子模擬不僅僅只是生成數字,它還涉及理解、理性思考與預測等關鍵環節,最最重要的是,還涉及結果的交流與分享。歸根結底,如果模擬的結果不能影響到它的聽眾(比如藥物化學與生物學科研人員),那么這個模擬是沒有任何意義的。計算模擬科研人員與實驗學科科研人員之間的想要達到良好溝通,首先需要實驗人員需要一個易用的工具來研究合適的數據而無需花費精力在細節上。VIDA正是這樣的一個工具–數據呈現、分析與分享,最終實現計算與實驗科研人員的無障礙交流。
OEChem TK 數據處理與整合是一個非常重要的工作,OEChem TK可以處理非常多的文件格式而不丟失信息,常見的文件格式包括:OEB,SMILES,MOL2,SDF與PDB。除了格式轉化,OEChem TK還可以用來從數據庫中抽提分子、構象、數據庫分割、化合物迭代、分子與原子的各種操作等。

OpenEye藥物設計應用軟件包授權方式與價格


授權方式 價格
學術用途,單用戶1年使用權,不限計算平臺、不限數量安裝 $5000.00
學術用途,單用戶3年使用權,不限計算平臺、不限數量安裝 $14250.00
學術用途,課題組(3-10人)1年使用權,不限計算平臺、不限數量安裝 $10000.00
學術用途,課題組(3-10人)3年使用權,不限計算平臺、不限數量安裝 $28500.00
商業用途 請聯系我們

價格與授權說明:

  1. 上述價格為不含稅、運費與保險的美金價格;
  2. 上述價格不包含招標費;
  3. 上述價格不包含上門安裝費、培訓等費用;
  4. 試用需簽署相應的使用授權協議,正式的使用授權協議在采購合同簽訂后簽署。試用版軟件使用協議僅供是否采購軟件決策使用而不能用于發表文章以及其它用途。

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