2018年10月培訓班|用MM/QM模擬酶與底物的反應

尊敬的老師,同學:

生物汽油領域改造酶提高對纖維素的降解效率、環保領域研究酶對塑料分子的降解機理、藥物研究領域探討共價藥物的設計以及生物合成領域研究合成的機理等等領域都需要一個強大的模擬工具以正確理解酶與底物的反應機理。為滿足各個領域對酶-底物反應機理研究的迫切需求,我們特舉辦主題為《MM/QM模擬酶與底物的反應》的培訓班。

一般認為組蛋白氨基端的乙酰化、磷酸化和甲基化參與了染色質結構和功能的調節,只有一個例外,即SET家族的組蛋白特異性賴氨酸殘基甲基化酶(組蛋白甲基轉移酶)。Xiao Bing等人1在2003年解釋了組蛋白肽、輔酶、人SET7/9的三元復合物的高分辨率晶體結構,揭示了酶、肽底物和輔酶的結合模式。發現賴氨酸通過將其側鏈插入穿過酶的窄通道,連接兩個表面與酶的活性部位的輔酶SAM直接接觸。XIao Bing等人的研究闡明了組蛋白靶向酶的特異性分子基礎,并提出了甲基化反應的模型以解釋SET家族許多保守殘基的在甲基化中的作用。

在本次培訓班,我們以Xiao Bing等人揭示的甲基化轉移酶3D結構為基礎, 用MM/QM技術在HF/3-21g:AMBER理論水平計算模擬甲基從SAM轉移到賴氨酸氨基的過程,通過練習可以掌握:(1)分子動力學模擬;(2)MM/QM計算與拉伸動力學模擬;(3)傘形采樣和反應自由能計算。我們已經準備好了全部的計算文件與結果,您在課程期間可以重現我們的計算流程。

圖1是本次課程計算獲得的過渡態,在課程期間,我們將重現這個計算過程并獲得過渡態。

過渡態

圖1. 甲基化反應過渡態

視頻是根據計算結果生成的甲基轉移過程動畫。從動畫上看,很明顯,甲基化轉移是個典型的SN2反應歷程。在本課程中,將會學習如何進行該計算模擬。

圖2. 甲基化反應歷程

在本課程中,為了確保可以在3天完成全部的計算,MM/QM計算時結合位點采用HF/2-31g計算方法,而其它部分采用AMBER力場模擬,即在HF/2-31g:AMBER理論水平計算。計算的PMF圖如下圖2所示。我們計算的反應自由能壘為22kcal/mol (300K), 而文獻報道實驗值為20.9kcal/mol (310K),我們的計算值與實驗值非常接近。

PMF

圖2. 甲基化反應自由能

祝各位老師、同學科研順利!

廣州市墨靈格信息科技有限公司

2018年5月29日

一、時間、地點

時間:2018年10月(具體時間待定)
地點:廣東省廣州市天河區龍口東路34號龍口科技大廈3樓會議室

二、課程內容

時間 課程內容
第一天 Linux基礎,理論介紹,(待更新)
第二天 (待更新)
第三天 (待更新)

三、報名與費用

1.報名方式

在線填寫報名表

2、費用

用戶類型 費用
工業/政府 10000.00
教師 10000.00
學生/博士后 10000.00

早鳥票優惠:7月15日前報名并繳費優惠1000元。

  1. 價格含稅,開具發票
  2. 費用包含培訓資料、上機費用、午餐、茶歇
  3. 住宿費及交通費自理。
  4. 請自帶電腦,并初步學習一些Linux的知識

3. 匯款

通過銀行匯款
戶 名:廣州市墨靈格信息科技有限公司
賬 號:36020 15809 10000 6586
開戶行:工商銀行廣州暨南大學支行
匯款用途:姓名+ MMQM培訓班,比如:白展堂-MMQM培訓班
匯款用途非常重要,可以幫助我們快速確認匯款人

4. 發票

請向貴單位的財務處索要發票信息:單位抬頭、地址、電話、稅號;收到匯款后,我們會按照發票信息開具發票并郵寄到收件地址。

5、關于取消參會并退款

在8月1日前提出不參加并要求退款,給予全額退款。確認參會又實際未能出席,不予退款。

確認參會又實際未能出席,不予退款。

四、聯系我們

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