反向分子對接計算服務

反向分子對接計算服務

前言

隨著結構生物學的發展,積累了越來越多的蛋白-配體服務晶體結構。利用這些結構進行反向分子對接計算(反向對接,Inverse docking)可以用來預測化合物的可能靶點。目前我們已經建立了包含大約8700個結合口袋的靶點數據庫,對應于2765多個靶點蛋白。

服務內容

將一個化合物與2765多個蛋白靶點(8700多個復合物結構的口袋)進行對接計算。

計算結果與報告生成

報告包含了如下數據:

  1. 分子對接打分結果:結合親合力、極性相互作用、分子表面相似性(形狀與性質分布)、分子形狀形狀相似性(純Gaussian表面形狀);
  2. 計算的pose與復合物結構里化合物的兩者空間關系:是否占據同一個位置(分子形狀相似性)
  3. 靶點的PDB代碼,靶點名稱,物種與UNIPROT編碼

計算的用途

用途:靶點預測,化合物作用譜,激酶譜預測,off-target預測。

計算結果報告的閱讀與樣品下載

1,樣品下載

http://www.iqrad.net/wp-content/uploads/2014/11/dock_sample.xls

2,報告閱讀

PDB_Code Affinity_Score Crash_Score Polar_Score Surface_Similarity Gaussian_Shape Uniprot_ID Uniprot_AC Protein_Name
3rik 5.9348 -1.6683 1.2941 0.566 0.861 GLCM_HUMAN P04062 Glucosylceramidase
4e51 5.5374 -1.7123 1.2262 0.526 0.781 SYH_BURTA Q2SWE3 Histidine–tRNA ligase
2ycm 5.5935 -2.1147 1.1298 0.516 0.78 ISPD_ARATH P69834 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
1nw4 6.0265 -0.4509 2.1922 0.508 0.764 Q8I3X4_PLAF7 Q8I3X4 Purine nucleotide phosphorylase, putative
3vmg 5.8361 -1.1509 0 0.604 0.762 Q84II6_JANS3 Q84II6 Terminal oxygenase component of carbazole
4f1y 7.5337 -0.1961 2.2008 0.571 0.747 GRIA3_RAT P19492 Glutamate receptor 3
2x0v 5.8319 -0.9751 0 0.531 0.74 P53_HUMAN P04637 Cellular tumor antigen p53
4asx 6.2622 -0.8577 1.9454 0.557 0.739 AVR2A_HUMAN P27037 Activin receptor type-2A
1o5o 5.2072 -0.8754 1.0353 0.531 0.735 UPP_THEMA Q9WZI0 Uracil phosphoribosyltransferase
2x7f 6.2594 -0.6329 0 0.474 0.726 TNIK_HUMAN Q9UKE5 TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
3o6d 5.8966 -0.5317 1.5819 0.504 0.725 PDXJ_CAMJE Q9PN59 Pyridoxine 5′-phosphate synthase
2nnl 6.9136 -1.1925 2.2486 0.546 0.716 P93799_VITVI P93799 Dihydroflavonol 4-reductase
3mfr 5.7764 -0.4989 1.6857 0.477 0.713 CSKP_HUMAN O14936 Peripheral plasma membrane protein CASK
2xf3 4.7588 -0.9861 0.029 0.518 0.712 Q83Z62_STRCL Q83Z62 Orf12

PDB Code:對接所用的PDB結構代碼,您可以將對接生成的坐標文件與對應的PDB結構放在一起觀察相互作用模式,推薦采用pymol或Chimera等軟件。

Affinity Score:預測的結合親和力,單位為pKd,也就是打分結果,該值越大越好

Crash Score:對接的pose與靶點之間的bump,最大值為0,越大越好,特別小比如-5,意味著該結果不可信

Polar Score:為預測的pose與靶點間的氫鍵、鹽橋或配位等相互作用

Surface Similarity:預測的Pose與復合物配體的表面相似性,最大值為1,最小值為0,越大說明與復合物配體分子表面越相似

Gaussian Shape: ?為預測的pose與復合物配體的Gaussian分子形狀相似性,最大值為1,最小值為0,越大說明與復合物配體分子的分子形狀越相似

Uniprot ID: 靶點的UNIPROT ID號

Uniprot AC:靶點的UNPROT獲取號

Protein Name:靶點的名稱

費用

3000元/化合物*次,多個化合物根據情況議價。

注:包含了1個化合物與8700多個復合物結構(2765多個靶點)對接計算, 本計算不提供相互作用模式作圖(可以自己根據對接結果作圖)。

售后保障與增值服務

電話服務:020-38261356 (9:00-17:00)

電子郵件:[email protected]

1)提供打分最高的50個計算結果文件(你可以自己根據打分結果挑50個);

2)提供結果分析培訓教程(圖文),根據工作量收取一定費用;

3)疾病歸屬:將靶點與疾病關聯,標注靶點與疾病的關系以及文獻支持(另行收取費用)

購買

相關靶標預測在線服務

請聯系我們

姓名 (必填)

郵箱 (必填)

電話(必填)

單位(必填)

地址 (必填)

主題

你的留言

摇滚之夜怎么玩 后二杀号技巧和规律 三公怎么玩规则 幸运飞艇百分之95胜率计划 上海时时11选5开奖结果 时时彩计划研究中心 领航pk10计划准吗 快三投注最佳技巧 类似必富大宝的游戏平台 选小姐的技巧口诀 棋牌赢钱游戏 天易2在线登录 北京pk10精准计划 登录北京时时 ag飞禽走兽有赢钱的吗 mg4355电子游戏线路检测 常州鼎龙娱乐