Spark

SPARK

SPARK概述

Spark是一款基團替換的軟件,實現骨架躍遷或側鏈替換,能為您的項目產生具有結構多樣性的全新化合物。它適于合成/藥物化學科研人員以及計算化學科研人員使用。Spark利用Cresset的場技術尋找分子中關鍵部分的生物等排替換,讓您在新的化學空間中尋找到新的結構。還適合于突破專利使用,使用Spark計算化學軟件可優化您的先導化合物,改善您的知識產權定位。或者,您還可以用它來幫助您在保留活性并減少ADME與毒性問題的同時實現完全轉變骨架。

為什么使用Spark

  • 克服化學骨架類型陷阱(Chemotype trap),在新的化學空間中為先導物找到具有極具創意的新點子
  • 通過對骨架替換發現新系列化合物與非顯而易見的知識產權
  • 從試劑中發現最佳的R基團
  • 通過蛋白結合位點中另一個分子的引導,從一個配體出發往新區域生長獲得新化合物空間
  • 將同一個結合位點中的兩個片段連接起來
  • 將兩個原子用連接臂連接,獲得大環化分子
  • 搜索數據庫發現可替換配體周圍水分子的R-基團

容易使用的界面可以便捷從起始分子快捷生成一系列全新的分子,特性分析與打分可幫你選出最具創意的先導化合物并具有您所需的全部性質。

  • 對結果進行過濾發現理化性質與生物活性俱佳的結構
  • 將結構肩并肩或按骨架聚類可視化分析
  • 從真實、文獻或尚未被探索的化合物庫中搜索片段
  • 用試劑或用自己專有的數據庫構建數據庫
  • 將同一個結合位點中的兩個片段連接起來
  • 將兩個原子用連接臂連接,獲得大環化分子
  • 搜索數據庫發現可替換配體周圍水分子的R-基團

支持平臺

SPARK支持Windows,Mac OS與Linux三大操作系統,都提供了直觀的圖形用戶界面與以任務為中心的命令行界面,此外還提供了KNIME與Pipeline Pilot界面。

SPARK界面截圖

SPARK GUI SPARK Project wizard SPARK region selector Starter window in SPARK
SPARK GUI SPARK Project Wizard SPARK region selector SPARK 起始化合物
SPARK Molecule Editor SPARK Constraints Editor SPARK Database SPARK Database Updater
SPARK Constrain Editor SPARK Database SPARK Database Updater
Advanced search options in SPARK Visualization of results in SPARK Multi-parameter optimization in SPARK SPARK integration with Flare
Advanced search option in SPARK Visualization of results in SPARK Multi-parameter optimization in SPARK SPARK integratiom with Flare

產品特性

特性 GUI CLI
SPARK實驗
搜索全新母核
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從最新的商品化的化學品與試劑中進行R基團搜索
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根據另一個配體從一起始分子開始在活性位點里往新的區域生長
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將同一個位點位點里的兩個配體用連接臂連接起來
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用連接臂將兩個原子間鏈接起來生成大環分子
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將配體周圍的結晶水用基團進行替換
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發現生物等排體
從2D結構開始 ?
從3D構象開始 ? ?
從ChemDraw或其它應用復制起始分子結構
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從RCSB直接下載起始分子 ?
控制新化合物成鍵時的元素類型與雜化狀態
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一次搜索一個數據庫,檢查不同計算的結果,將新的結果追加到現有的項目里 ?
一次搜索多個數據庫 ? ?
用場與藥效團進行約束以確保指定的相互作用保留下來 ? ?
結果用多個參比分子進行打分 ? ?
結果用不同的相似性方法打分 ? ?
在計算的時候用SMARTS模式或分子編輯器畫的片段進行過濾 ? ?
在計算時根據想要的親水性、極性表面積以及柔性特征對結果進行過濾 ? ?
支持用Cresset Engine Broker鏈接到遠程服務器計算 ? ?
結果分析
瀏覽2D圖形 ?
獲得與參比分子疊合好的3D結構 ? ?
起始分子、設計的化合物與蛋白的3D視圖 ?
不同風格的蛋白飄帶 ?
一鍵聚焦于結合位點 ?
僅展示結合位點的蛋白飄帶 ?
用故事板截圖、注釋、記錄與回放 ?
用SMARTS模式或分子編輯器畫的片段對結果進行過濾 ?
用Murcko骨架對結果進行聚類 ?
用骨架或取代基對結果進行聚類 ?
多參數打分
組合生物排體與理化性質建立打分方法 ?
在雷達圖中直觀地觀察理化性質 ?
用雷達圖或著色評估綜合打分 ?
將多種性質特征匯總于一張雷達圖中 ?
根據雷達圖打分進行過濾與排序實現多參數打分 ?
確保每個新的想法在標準物理性質上(比如logP,TPSA,MW等)都能滿足項目指南的要求 ? ?
通過監視CSD兩面角頻率以確保新分子的構象是真實的 ? ?
支持收藏的功能以便后續進一步分析 ?
自定義標簽以便后續進一步分析 ?
通過對連接點原子類型的監控以評估化學可行性 ? ?
數據庫管理
支持將自己的數據庫碎片化建立自己的數據庫 ? ?
控制數據庫中片段的尺寸與柔性 ? ?
支持將將商品銷售的試劑轉化為數據庫 ? ?
支持自定義試劑轉為片段數據庫的規則
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在搜索前可以觀察哪些數據庫需要更新 ? ?
一次升級全部的數據庫或選定的數據庫 ? ?
工作流的整合
通過REST界面計算理化性質 ?
整合至KNIME或Pipeline pilot ?
結果導出
將選中的或收藏的化合物發送給Flare或Forge進行進一步分析 ?
將結果導出為標準的mol2或sdf格式文件 ? ?
將結果導出為Excel或Spotfire的的CSV格式 ?
將MEP表面導出為CCP4,Cube,Insight或MOE格式 ?

算例與教程

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