Activity Miner

Activity Minor

Activity Miner概述

Activity Miner讓你能夠快速的了解復雜的構效關系,突出關鍵的活性變化。重要的是,Activity Miner給你一個清晰的活性變化理論依據,并在后續的藥物設計循環中為您提供如何利用這個知識的靈感。Activity Miner將“Disparity”或“activity Cliff”概念用到SAR中的突出部分,在這里你可以觀察到最重要的變化。一對分子的差異(disparity)用其活性差值除以它們之間的空間距離的值來表示。傳統上,一對分子間的空間距離用圓形指紋圖等2D相似性來。在Activity Miner中您不僅使用這個2D標準,而且您還能從Cresset的新科學中獲益,比如使用3D形狀加靜電相似度來定義一對的距離。這個新技術讓我們能夠發現SAR中使用其他方法會遺漏的重要變化。最重要的是,它給出隱含在活性變化之后的原因,這對于設計新的和更好的化合物來說是至關重要的信息。

為什么選擇Activity Miner

使用Activity Miner模塊您將可以:

  • 快速瀏覽構效關系中,哪怕在一個龐大的數據庫中
  • 尋找關鍵的活性區域和探索單一化合物周圍的空間
  • 理解引起活性變化的形狀和靜電變化
  • 看看新化合物是如何與整個項目歷史聯系起來,尋找那些使用其他方法可能會遺漏的關系
  • 發展您將用于設計新化合物的對SAR的關鍵見解

多種SAR視圖方式

Activity Miner專注于解釋活性變化背后的原因。它提供了數據的多個視圖,以幫助您在SAR中找到關鍵的分子對。對于每一對分子,Activity Miner向您展示了靜電和形狀屬性是如何不同的,從而幫助您了解如何設計具有更好屬性的更好化合物。不同的視圖使您能夠專注于SAR的不同方面。

觀察全部數據

活性懸崖-矩陣視圖
活性懸崖矩陣是一種可排序的分子對表單,展示了一個分子與所有其它分子之間的比較結果:

  • 顏色越濃則懸崖越大,很容易發現活性的增強與降低
  • 選擇一個單元格可以在3D視窗中展示一對分子,可以用形狀與靜電探索一對分子兼職的相似性與差異
  • 將矩陣擴展到多種活性可以突出關鍵的選擇性信息
  • 對矩陣進行過濾、排序以發現最相似的分子對

探索一個化合物周圍的構效關系

活性懸崖視圖2
創新的活性視圖結合了近鄰分析和活性懸崖數據,將局部SAR用活性變化來著色。

  • 選擇一個感興趣的化合物與其鄰近化合物進行比較,觀察活性、選擇性、相似性與差異性
  • 視圖突出顯示了結構差異,使您更容易看到已經做了哪些更改
  • 選擇任意一個鄰居在3D窗口中更詳細地檢查靜電和形狀差異
  • 雙擊一個鄰居使其變為新的中心分子并與其最近的鄰居進行比較

發現最顯著的變化

活性懸崖Top視圖

Top pairs表突出顯示了SAR中的關鍵點。它顯示了相對于結構變化表現出最大活性變化的分子對,使你能夠理解對項目影響最大的變化。通過該表可以:

  • 發現重要的分子對及其結構變化
  • 觀察每一對分子間關鍵活性與理化性質變化
  • 收藏分子對以便進一步分析
  • 在3D視窗中分析靜電與形狀的變化
  • 根據性質的值對表排序

將相似的化合物聚合在一起

活性懸崖聚類
通過基于3D或2D相似性的聚類分析,使您更容易看到化合物如何相互關聯。

  • 洞察數據集的化學多樣性
  • 觀察不同簇的活性變化可以找出同系物與離群分子
  • 根據聚類的成員對分子加標簽(tag)或導出分子
  • 在Forge中展示任意的類以便進一步分析
  • 支持選擇任意化合物以展示活性以及2D或3D結構

特色

特色 Activity Miner GUI Activity Miner CLI
可在Forge中使用 ? ?
尋找3D活性懸崖 ? ?
尋找2D活性懸崖 ? ?
產生全部分子的完整活性懸崖矩陣 ? ?
產生全部分子的完整相似矩陣 ?
根據形狀、靜電或兩者改變3D相似度度量標準 ?
4個可選的2D相似度度量標準計算、尋找活性懸崖 ? ?
在所有生物活性測量中應用誤差值以保證有意義的結果 ? ?
自動以對數單位載入活性或者從線性測量轉化為對數 ? ?
整合到工作流和方案中以便其他用戶使用或對結果執行復雜的統計 ?
使用活性視窗來瀏覽SAR,顯示任何分子的最鄰近區域的活性和懸崖信息 ?
聚焦于最鄰近的區域瀏覽SAR ?
以列表形式查看您的分子中最重要的變化以及諸如配體效率之類的相關性質變化 ?
標記任何一對分子并收藏以便導出或后期檢驗 ?
根據選擇的2D或3D(僅在Forge)的相似度度量對您的數據集進行聚類 ?
在Forge主界面中選擇和顯示類簇中所有分子 ?
以熱圖形式顯示活性懸崖矩陣,實現全部縮放和選擇功能 ?
在3D疊合中顯示任何一對分子及其靜電和形狀性質 ?
查看任何一對分子的靜電場的變化以理解觀察到的活性變化的根本原因 ?

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