Category Archives: 產品

CONFLEX

CONFLEX: 高性能構象分析

CONFLEX是一款高性能構象搜索軟件,它可以快速、準確地進行構象分析。CONFLEX的獨特之處在于它的構象搜索能力,通過對柔性分子構象空間窮舉搜索,能找到每一個有化學意義的最優構象。CONFLEX還包括了預測振動頻率、熱力學性質、CD/UV/Vis光譜和3JHH NMR耦合常數的算法。CONFLEX與Gaussian一起用于ECD、VCD、NMR、IR等光譜計算。

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藥效團識別流程

FieldTemplater

FieldTemplater藥效團識別的假設是:兩個分子以相似的結合模式(相互作用方式)結合到蛋白的同一個結合位點,因此化合物應該有高度相似的場點模式。FieldTemplater因此遍歷一組配體的構象空間、并識別其公共場模式。多個結構多樣化合物的場模式很可能就解釋了這些化合物與靶標的結合模式。

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Lead Finder workflow

Lead Finder

Lead Finder是一款全新的分子對接軟件,其設計的目的是用來滿足計算化學家和藥物化學家在藥物發現過程中的需求,可以用于(1)虛擬篩選哪發現全新的先導化合物;(2)對活性化合物的高富集能力設計集中庫;(3)預測活性化合物的3D結構;(4)快速地評估新設計的分子是否與結合位點匹配。

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AutoT&T

AutoT&T 2.0-高效的藥物分子從頭設計軟件

AutoT&T(Automatic Tailoring and Transplanting)是一款具有我國自主知識產權的藥物分子設計軟件,可以實現先導化合物的自動構建和結構優化等一系列功能。在基于靶標結構的藥物分子設計中,該軟件可以作為產生配體分子三維結構的強大工具,突破人腦思維和已有知識的限制,提供全新的設計靈感。該軟件采用了結構拼接構建配體分子的全新思路,突破了傳統從頭設計方法(De Novo Design)需要使用預制片段庫(fragment library)的做法,執行效率是傳統從頭設計方法的10倍以上,且能產生結構多樣性更好、成藥性更強的分子設計方案。該軟件還可以實現多線程先導化合物優化、共價結合配體分子的設計等特殊功能。另外,用戶可以根據選定的靶標蛋白,靈活選擇個性化的參考分子庫,進一步提高分子設計方案的合理性。

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FLARE 基于結構的設計軟件

FLARE

Flare V2是Flare的最新版本,一款開創性的基于結構的藥物設計軟件。Flare V2包含了:1)蛋白結構準備;2)蛋白靜電相互作用勢分析;3)靜電互補性打分;4)WaterSwap結合自由能計算;4)3D-RISM水分子的位置值與穩定性計算;5)分子對接;6)Pyhton API任務自動化與自定義工作流。

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