Activity Atlas

Activity Atlas

Activity Atlas概述

Activity Atlas是Forge的一個模塊,Activity Atlas是一種將一系列化合物的SAR總結為可視的3D模型的方法,該模型可用于指導新分子的設計。Activity Atlas對于那些沒有足夠數據建立傳統3D-QSAR的項目團隊特別有用。

Activity Atlas計算及其3D可視化包含

  • Activity Cliff Summary: 用活性懸崖理解構效關系
  • Average of actives: 了解活性分子的公共特點是什么樣子
  • Regions explored: 了解現有化合物已經探索過的空間,新設計的分子所處的位置,評估新分子的創新性。

Activity Atlas理解構效關系

活性懸崖總結(Activity Cliff Summary)

活性懸崖總結圖是從Activity Miner模塊派生而來,將整個系列化合物的活性懸崖數據匯總為關鍵點的構效關系(SAR)圖。通過這種方式,您可以圍繞一個化合物建立活性場景的解釋。

圖1顯示了J. Bajorath(J. Chem. Inf. Model. 2011,51:258-266)發表的一組化合物的腺苷A1、腺苷A2a和腺苷A3受體活性數據的活性懸崖總結。三個腺苷受體處的SAR關鍵區域很容易地進行可視化并用于新分子的設計,例如保留對A1受體的活性,同時建立對A2和A3的選擇性。

腺苷受體選擇性

圖1:腺苷A1受體的活性懸崖總結(左); 腺苷A2a受體的活性懸崖總結(中);腺苷A3受體的活性懸崖總結(右).紅色:正靜電勢有利活性;藍色:負靜電勢有利活性;綠色:增加體積有利活性;洋紅:減少體積有利活性。

平均活性分析(Average of actives analysis)

平均活性分析對靜電、疏水性和形狀進行分析,給出了活性分子平均之后的樣子。這給出了新的活性分子應該長成什么樣子的總體概念。

區域探索分析(Regions explored analysis)

這個模塊與平均活性分析類似,但是與生物活性完全無關。它主要是評估疊合在一起的分子都探索了哪些空間區域:它告訴你當前項目已經探索過的地方。將新分子與區域探索分析結果疊合在一起,可以告訴你這個新分子把你帶到了一個新區域,還是只是把你帶到以前去過的地方。

算例

獲取Activity Atlas

Activity Atlas是Forge的一個模塊,從Forge里可以獲取到。

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