第一屆量化計算與藥物設計實用技術培訓班

ECD計算與藥效團建模

第一屆量化計算與藥物設計實用技術培訓班邀請函

尊敬的老師,同學

正值中國化學會第十屆全天天然有機化學學術會議在廣州舉行之際,廣州墨靈格為大家精心設計了以《ECD計算與藥效團建模》為主題的第一屆量化計算與藥物設計實用技術培訓班。量化計算與藥物設計實用技術培訓班以實用為宗旨,以解決實際科研問題為出發點設計培訓內容。在本屆的培訓班中,以天然產物立體化學的結構確證為例,為大家設計了ECD計算培訓內容,通過完成一個文章的ECD計算算例,最終讓學員可以了解ECD計算整個流程、實現自主使用軟件解決實際問題;本培訓班還提供了以藥效團建模為基礎的藥物設計培訓班,通過學習,可以了解并掌握藥效團的建模、預測化合物與靶點相互作用模式以及虛擬篩選等藥物設計技術。

祝大家科研順利!

廣州市墨靈格信息科技有限公司

2014年9月3日。

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【課程介紹】

1、? ECD計算輔助立體化學結構確證

電子圓二色譜(Electronic Circular Dichroism,ECD)是目前比較流行的立體化學結構確證技術。本次培訓班以我們已經發表的一項研究工作為例,詳細介紹如何使用Gaussian 09和其他輔助軟件進行ECD計算,再與實驗數據比較,從而確定化合物的絕對構型。

在本次培訓中,我們特別增加了構象分析這一重要環節,它將解決不少學員在長期研究中遇到的ECD計算“時而奏效,時而失效”的問題。通過本次培訓,學員們能夠熟悉掌握這一項完善的ECD計算輔助立體化學結構確證技術,并能迅速運用到自己的研究項目中。

2、? LigandScout藥效團建模與虛擬篩選

藥效團是基于藥效特征元素的模型,總結出對活性起關鍵作用的結構特征。近些年,隨著化合物數據庫和計算機技術的發展,用藥效團模型對數據庫的進行虛擬篩選得到了廣泛的應用,已經成為發現先導化合物的重要手段之一。本次培訓班將通過講解和練習使用LigandScout進行藥效團建模與篩選的全部功能,讓學員們迅速掌握該項技術。

【軟件簡介】

CONFLEX 7

構象分析與構象分布。在本課程中,CONFLEX用于生成化合物的初始構象,根據其構象分布,取占據構象空間98%的幾個構象用于下一步的Guassian計算。

Gaussian 09

Gaussian 09是Gaussian系列電子結構軟件的最新版本,被世界各地的化學家、化學工程師、生物化學家、物理學家和其他學科的科學家們所廣泛使用。Gaussian 09從量子力學的基本定律出發,在各種不同的化學環境中預測分子結構、能量、振動頻率、分子性質與反應。

LigandScout 3

LigandScout是Inte:Ligand公司推出的旗艦產品,是基于3D-藥效團模型進行精確虛擬篩選的集成平臺。它提供了無縫的工作流;支持基于配體或基于結構的藥效團建模;還包含了一個全新的高性能疊合算法,其具有前所未有的篩選速度與高品質預測質量。此外,它還提供了用戶友好的篩選分析工具,包括自動生成ROC曲線以便進行性能評估。所有的功能都可以通過我們精心設計的圖形用戶界面來使用,該界面是我們多年的為建立最有人性化的藥效團建模工具經驗的結晶。本算法以我們在藥效團研究領域信譽卓著的知識為基礎并經過科學驗證,是本領域最先進的技術。

【課程目標】

1、掌握一套科學完整的ECD計算輔助立體化學結構確證技術方案;

2、掌握LigandScout 3高級藥效團建模與篩選技術。

【課程內容】

本次培訓以上機學習方式為主,學員們將掌握以下關鍵技術:

1、ECD計算輔助立體化學結構確證

  • 構象分析;
  • 幾何優化的訣竅;
  • 單一構象ECD計算;
  • 玻爾茲曼平均;
  • 如何解釋科頓效應(Cotton Effect)。

2、藥效團建模與虛擬篩選

  • 基于結構的藥效團建模;
  • 預測化合物與靶點的相互作用模式;
  • 虛擬篩選;
  • 基于配體的藥效團建模;
  • 如何科學地評價藥效團建模質量;
  • 調整藥效團特征與運用組合模型;
  • 采用藥效團對對接構象重打分;
  • 構建高質量化合物構象庫。

【培訓對象】

本次培訓班ECD計算部分適合已經或打算使用以上技術進行立體化學結構確證的老師、學生或其他科研人員參加;藥效團建模部分合適于對靶點預測、小分子-靶點相互作用模式分析與虛擬篩選感興趣的人員參加。

【課程安排】

時間 主講人 培訓內容
08:30 – 09:00 ? 登記注冊
09:00 – 11:30 張子穎 ECD計算輔助立體化學結構確證
14:30 – 17:30 肖高鏗 藥效團建模與篩選

【時間地點】

時間:2014年11月24日

地點:廣州市天河區龍口東路19號悅華法官培訓中心酒店(悅華大廈)402教室

從珠江賓館到培訓班地點:地鐵大約30分鐘;

從培訓班到機場: 下午6點,地鐵大約1小時30分鐘;
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【報名注冊】

1、? 報名方式

下載回執表單后,發送Email至[email protected]或郵寄至廣州市天河區龍口東路34號龍口科技大廈2002。

下載邀請函http://www.iqrad.net/wp-content/uploads/2014/09/GUANGZHOU_Workshop.pdf

下載回執http://www.iqrad.net/wp-content/uploads/2014/09/guangzhou_reg.docx

或給我們留言,提供以下信息

主題(11月24廣州培訓班),姓名,單位,職位(注意學生與博士后有優惠,需提供學號),電話,Email,課題組,發票抬頭,通訊地址,感興趣的內容。

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主題

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2、? 匯款

通過銀行匯款

戶名:廣州市墨靈格信息科技有限公司

賬號:36020 15809 10000 6586

開戶行:工商銀行廣州暨南大學支行

匯款留言:姓名+培訓+費用所包含的人數,比如:劉德華培訓3人

3、? 領取發票

發票統一在會場領取

4、? 注冊截止日期

2014年11月18日。

【注冊費用】

課程內容

注冊日期

標準

學生

備注

ECD計算輔助

立體化學結構確證

10月12日前

800元/人

500元/人

送CONFLEX試用1個月

10月12日后

1000元/人

600元/人

藥效團建模與虛擬篩選

免費

送LigandScout試用1個月

費用包含培訓資料費、上機費用及午餐,住宿費及交通費自理。

CONFLEX與LigandScout的試用License在培訓班前通過郵件發送,可以提前安裝在自己的機器上。

【聯系我們】

廣州市墨靈格信息科技有限公司

廣州市龍口東路34號龍口科技大廈2002

Tel: 020-38915003,38261356

Email: [email protected]

Web: http://www.iqrad.net

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